土地売却にかかる税金と計算方法、軽減措置の適用条件を解説

土地売却時にかかる税金と支払い時期について

土地を売却したときの税金として、印紙税・登録免許税・固定資産税があります（消費税は非課税）。それぞれどんな税金であり、どれくらいかかるのかご説明します。

印紙税

印紙税は、経済取引の際に作成する書類にかかる税金です。不動産売却の場合は、土地の売買の際に取り交わす売買契約書に所定の印紙を貼りつけて消印することで納付します。本来は税務署へ申告して支払うものではありませんが、印紙貼りつけの代わりに申告納税方式で支払うことも可能です。

不動産売買契約書に貼りつける印紙代は、保有する者が負担します。そのため、売主も買主も印紙を購入し、契約書に貼りつけて印紙税を納める必要があります。売却時だけでなく、購入時にも納税することになるので注意してください。

印紙税の税額は契約金額（売却価格）によって異なっており、たとえば1,000万円超～5,000万円以下なら2万円、5,000万円超～1億円以下なら6万円などとなっています。

ただし、2022（令和4）年3月31日までは、軽減措置として1,000万円超～5,000万円以下なら1万円、5,000万円超～1億円以下なら3万円などと減額されます。詳細は以下に示す国税庁のホームページを参照してください。

 

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参考：No.7140 印紙税額の一覧表（その1）第1号文書から第4号文書まで | 国税庁
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/inshi/7140.htm

参考：不動産売買契約書の印紙税の軽減措置 | 国税庁
https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/inshi/08/10.htm

登録免許税

登録免許税は、土地の名義変更や所有権を移すための登記を行うときに納めます。登記の種類によって税率は異なり、たとえば売買による所有権移転登記の税額は課税標準（不動産の価額）の2.0％と定められています。

 

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参考：No.7191 登録免許税の税額表 | 国税庁
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/inshi/7191.htm

参考：登録免許税の税率の軽減措置に関するお知らせ
https://www.nta.go.jp/publication/pamph/sonota/torokumenkyo29.pdf

固定資産税

固定資産税は、土地、家屋、償却資産（減価償却の対象となる資産）などの総称である固定資産の所有者に対して課される市町村税です。その年の1月1日時点の所有者に対して課されます。土地の売却時は、慣習的に所有権が移転する日以降の税額を日割りで計算して購入者から「精算金」として受け取る形になります。

税率は都道府県および各市町村が設定できるのですが、標準税率は1.4％と定められています。大概の自治体はこの標準税率を使用しており、東京都も1.4％です。

売却益が発生する土地取引にかかる税金

土地の売却によって売却益（譲渡益）が発生すると、税法上では「譲渡所得」に分類され、所得税や住民税などの対象となります。譲渡所得に対する税金や控除の種類についてまとめました。

譲渡所得に対する税金

土地を売却して利益が出ると、譲渡所得として給与所得や事業所得などの所得とは分けて計算し、所得税・住民税・復興特別所得税の課税対象になります。これを分離課税と呼びます。確定申告の手続き自体は、ほかの所得と一緒に行います。

譲渡所得に適用される税率は、土地の所有期間によって異なります。ポイントは、売却した年の1月1日時点で5年を超えるか否かです。5年を超える場合は、長期譲渡所得の税率が適用され、所得税15％・住民税5％となります。5年以下の場合は、短期譲渡所得の税率が適用され所得税30％・住民税9％です。復興特別所得税は、所有期間の長さによらず所得税額の2.1％で固定されています。

譲渡所得にかかる税額の計算方法

譲渡所得にかかる税額を計算するには、課税譲渡所得金額に長期譲渡所得か短期譲渡所得の税率をかけ算します。

課税譲渡所得金額は、以下の計算式で算出されます。

譲渡価額－（取得費＋譲渡費用）－特別控除額

「取得費」と「譲渡費用」

「取得費」と「譲渡費用」として計上できるものは、具体的には次のとおりです。

● 取得費
・土地の購入代金
・購入時の税金（印紙税、登録免許税、不動産取得税など）
・仲介手数料
・測量費、建物解体費など

● 譲渡費用
・立ち退き料
・仲介手数料
・印紙税
・測量費、建物解体費など

特別控除額

特別控除については、次の見出しでご説明します。

長期譲渡所得および短期譲渡所得の税率

前述の通り、長期譲渡所得および短期譲渡所得の税率は以下の通りまとめられます。

	所得税率	住民税率	復興特別所得税率
長期譲渡所得	15％	5％	所得税の2.1％（0.315％）
短期譲渡所得	30％	9％	所得税の2.1％（0.63％）

・譲渡所得の計算例

購入価格が5,000万円、購入時諸費用が150万円
売却価格が6,000万円、売却時諸費用が180万円の場合

6,000万円 -（5,150万円+180万円）＝670万円

プラスになった、670万円を基にして税額を計算します。
この時、譲渡所得がマイナスになった場合には、所得税・住民税を支払う必要はありません。確定申告の必要もありません。

また、取得費・譲渡費用として引けるものには、「土地の購入代金」、「仲介手数料」、「契約書への印紙代」などがあります。

譲渡所得の特別控除

要件に当てはまる場合、譲渡所得の特別控除を受けられる可能性があります。特別控除を活用することで課税所得を減らすことができます。なお、適用条件は特例によって異なります。

平成21年、22年に取得した国内の土地を売却する場合

● 特別控除額

1,000万円の特別控除を受けられます。譲渡所得の金額が1,000万円に満たない場合は、譲渡所得の金額がそのまま控除額となります。

※ 適用条件

2009（平成21）年1月1日から2010（平成22）年12月31日までの間に土地を取得しており、2009年に取得した場合は2015年以降、2010年に取得した場合は2016年以降に譲渡すること。親子や夫婦など、特別な間柄から取得した土地ではなく、相続や贈与などで取得した土地でもないこと。

公共事業などのために土地建物を売却する場合

● 特別控除額

最高5,000万円までの特別控除を受けられます。

※ 適用条件

代替資産を取得した場合の課税の特例を受けていないこと。最初に買い取り等の申出を受けた者が、買い取り等の申出があった日から6か月を経過した日までに土地建物を売っていること。

マイホーム（居住用財産）を同時に売却する場合

● 特別控除額

所有期間の長短に関係なく、譲渡所得から最高3,000万円まで特別控除を受けられます。

※ 適用条件

ほかの特例を受けていないこと。以前に住んでいた家屋や敷地の場合は、住まなくなった日から3年目の12月31日までに売ること。

特定土地区画整理事業などのために土地を売却する場合

● 特別控除額

2,000万円の特別控除を受けられます。

※ 適用条件

土地区画整理事業、住宅街整備事業、第一種市街地再開発事業などの事業のための買取であること。国、地方公共団体、独立行政法人都市再生機構又は地方住宅供給公社が事業の施行者かつ買主であること。

特定住宅地造成事業などのために土地を売却する場合

● 特別控除額

1,500万円の特別控除を受けられます。

※ 適用条件

地方公共団体等が行う住宅の建設又は宅地の造成のため、収用等の事業を行う者にその収用の対償地に充てるため、特定の民間の宅地造成事業又は住宅建設事業の用に供するため、公有地の拡大の推進に関する法律の規定のためのいずれかであること。

農地保有の合理化などのために土地を売却する場合

● 特別控除額

800万円または1,500万円の特別控除を受けられます。

※ 適用条件

農用地区域内の農地を農用地利用集積計画又は農業委員会のあっせん等により譲渡した場合、あるいは農用地区域内の農地を農地中間管理機構又は農地利用集積円滑化団体に譲渡した場合は800万円の特別控除です。

農用地区域内の農地等を農業経営基盤強化促進法の買入協議により農地中間管理機構に譲渡した場合は1,500万円の特別控除です。

 

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【No.3223 譲渡所得の特別控除の種類】
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3223.html

 

印紙税

印紙税は印紙税法で定められた課税文書に対して課税される税金です。土地売却においては、不動産売買契約書が課税文書に該当し、契約書の記載金額により税額が決定します。

具体的な印紙税の額は以下の通りです。
2022年3月31日までの印紙税の軽減措置を講じた金額です。

契約金額	本則税率	軽減税率
10万円を超え～50万円以下のもの	400円	200円
50万円を超え～100万円以下のもの	1千円	500円
100万円を超え～500万円以下のもの	2千円	1千円
500万円を超え～1千万円以下のもの	1万円	5千円
1千万円を超え～5千万円以下のもの	2万円	1万円
5千万円を超え～1億円以下のもの	6万円	3万円
1億円を超え～5億円以下のもの	10万円	6万円
5億円を超え～10億円以下のもの	20万円	16万円
10億円を超え～50億円以下のもの	40万円	32万円
50億円を超えるもの	60万円	48万円

出典：国税庁 不動産売買契約書の印紙税の軽減措置より。

 

買主と売主がそれぞれ一通分の印紙税を負担します。節税の方法としては契約書の一枚をコピーして保管することがあります。原本には印紙税がかかりますが、コピーにはかかりません。売主は原本を所持しなくともよいので、その分節税することができます。

なお、土地の売却時に抵当権の抹消をする場合にかかる税金として登録免許税があります。抵当権は住宅ローンなどを支払えなくなったときに銀行が土地を差し押さえる権利のことです。

ローンを支払い終えれば抵当権は抹消できますが自然に無効にはなりません。金融機関に融資を受けた土地であれば、売却の際に抵当権を抹消する必要があります。この税金は節税できませんが、知っておくと売却時に認識ズレを起こさないので理解しておきましょう。

 

相続した土地を売却するときにかかる税金

売却する土地が相続した物件の場合。税金はどのようになるのでしょうか。
先述したように、売却する土地の所有期間が長い「長期譲渡所得」ほうが税率が低くなるのですが、相続で取得した土地の場合、相続開始のあった日の翌日から、相続税の申告期限の翌日以後3年を経過する日までに売却すると、「取得費加算の特例」が適用され税負担が軽くなります。

取得加算の算式は、以下のようになります。

譲渡所得 =　売却価格 －（取得費＋譲渡費用＋売却した土地に対する相続税額）

売却価格から、取得費、譲渡費用に加え「売却した土地に対する相続税額」も加えてマイナスできるため、課税対象となる譲渡所得を減らすことができます。

 

節税方法のまとめ

所得税・住民税については、所有期間5年超で売却すると長期譲渡となるので、税率が下がり節税になります。

また、特別控除が使えれば更に節税となります。

また、印紙税については契約書を1通とすることで節税が可能です。また、契約書を2通作成する場合には、2022年3月31日までの契約で軽減税率が適用となり、節税となります。

 

土地の税金はいつ払うか

土地売却で掛かる税金は全部で3種類ありますが、納付方法は各々異なります。ここでは、土地に関する税金を支払うタイミングについて解説します。

印紙税を支払うタイミング

土地を売却するケースでは、売買契約が成立して契約書を取り交わす段階で印紙税を支払います。印紙税額は売買契約書に記載された金額によって異なり、

2,000万円の不動産売買契約書であれば2万円の印紙税となります。

出典：国税庁「No.7140 印紙税額の一覧表（その1）第1号文書から第4号文書まで」

所得税を支払うタイミング

不動産を売却して利益が出た場合、確定申告をしなければなりません。確定申告する時期は不動産を売却した翌年の2月16日〜3月15日で、同時期に所得税を支払います。

納付場所は税務署もしくは金融機関となります。

住民税を支払うタイミング

所得税の納付に際して、土地の売却で得た利益を確定申告しているので、住民税についてあらためて各自治体に申告する必要はありません。

確定申告した年（土地を売却した翌年）の5月以降に市町村から納付書が送られてくるので、指定された金融機関やコンビニエンスストア、役場などで支払いします。

原則は現金での支払いですが、自治体によってはクレジットカードでの支払いが可能です。一括払い以外にも、年4回に分けて納付することもできます。

 

土地の売却にかかるその他費用

土地の売却には税金以外にも費用が発生します。

一口に土地の売却と言っても、更地で取り引きできる土地だけとは限りません。
まだ古家が建っていたり、何年も使用していない工場跡地のような土地が取り引きされることもあります。

以下に土地売却にかかる代表的な費用を紹介します。自分の土地の場合はどんな費用がかかるのかを確認しましょう。

●土地売却にかかる費用の例

・仲介手数料
・ローンの一括返済手数料
・抵当権抹消費用
・解体費用
・土壌汚染対策費用
・測量費用

仲介手数料

土地売却の際、不動産会社を利用する方がほとんどですが、仲介手数料として以下の金額を支払わなければなりません。

売買価格（税抜）	仲介手数料限度額（税抜）
200万円以下の部分	売買価格×5％
200万円〜400万円以下の部分	売買価格×4％
400万円を超える部分	売買価格×3％

※仲介手数料は消費税の課税対象になり、別途消費税がかかります。

不動産会社に支払う手数料は、宅地建物取引業法で規定があり、細かく上限が設定されています。

なお、200万円以下の部分、200万円～400万円以下の部分、400万円を超える部分と3つに分けて計算するのは面倒ですので、実務では「速算式」を利用して金額を算出しています。

【売買価格400万円以上の場合の速算式】 仲介手数料 =（売買価格 × 3% + 6万円）+ 消費税

1,000万円の土地を売却した場合計算方法を具体的に例えてみると、以下のような計算になります。

仲介手数料 ＝ 1,000万円 × 3％ + 60,000円 ＝ 360,000円 + 消費税

仲介手数料は決済・引渡しが成立したタイミングで、不動産会社に支払うのが一般的です。

ローンの一括返済手数料・抵当権抹消費用

住宅ローン残債がある家を土地として売却する場合は、ローンを完済し抵当権を抹消しなければなりません。

このときにかかるのが銀行に払う全額繰上返済の手数料、司法書士への報酬等の抵当権抹消費用です。

全額繰上返済にかかる手数料は住宅ローンを借り入れていた金融機関に支払います。

契約時に一括返済をする際の手数料が決まっていますので、契約書を確認してください。数千円から高い場合は10万円を超えることもあります。

抵当権抹消に関する費用とは司法書士に支払う報酬費等（事前調査費など含む）です。1万円前後になることが多いでしょう。抵当権抹消時には登録免許税もかかります。

解体費用

古家を取り壊し更地にしてから売却するケースも考えられます。このとき古家の解体費用がかかります。解体費用は建物の種類によって変わります。

価格が安い順に木造、軽量鉄骨造、鉄筋コンクリート造です。一戸建ての大半は木造住宅になりますが、その費用は坪単価4万円から6万円程度が目安とされています。

土壌汚染対策費用

最近は住宅地の土地取引でも土壌汚染に関する調査や対策が要望されることが増えています。そのための調査費と、問題があった場合の対策費用も念頭にいれておきましょう。

土地調査は土地の利用履歴を調べる地歴調査、土地の表層のみを調べる概況調査、ボーリング機器を使い深さ10mくらいまでを調べる詳細調査などがあります。

土壌に汚染があると分かったら、その土を浄化しなければなりません。

調査も対策費もその範囲や土地の状況、実施の程度によって異なるため、費用は専門家に相談して確認してください。

土地の測量費用

売買する土地の正確な面積を測るために行うのが測量です。測量は義務ではありませんが、買主から求められたら対応せざるを得ません。測量にはいくつか種類があります。

土地の売買では隣人立ち合いのもと、厳密に測定するで確定測量を行います。隣接地が一般の宅地等であればその費用相場は100平米あたり40万円前後が一般的です。

 

土地を売却したら税金がかかることを忘れないようにしよう

土地を売却した場合、必ず印紙税・登録免許税・固定資産税がかかります。売却益が生じると、所得税・住民税・復興特別所得税がさらにプラスされます。

場合によっては、売却益の半分近くが税金で引かれてしまう可能性もあります。

そこで特別控除の条件を頭に入れ、利用できるものがあったら忘れず利用するようにしましょう。自分の土地が適用されるか心配な場合は、不動産会社や税理士など専門家に確認してください。